Электрофильный PROTAC KB03-SLF

Описание:

KB03-SLF представляет собой электрофильный PROTAC (PROteolysis TArgeting Chimera), разработанный для направленного протеолиза белков. Он состоит из синтетического лиганда FKBP12 (SLF) и электрофильного скаут-фрагмента 914975, соединенных линкером. Это соединение позволяет обнаруживать лигируемые E3 убиквитинлигазы — ключевые ферменты в системе убиквитин-протеасомного пути. Применяется в исследованиях направленной деградации белков (TPD) для расширения инструментария воздействия на протеом человека. Соединение имеет сложную органическую структуру с молекулярной формулой, включающей хлорацетамидную группу, трифторметилфенильное кольцо и фрагменты пиперидин-2-карбоксилата. При работе требует аккуратности из-за реакционноспособного электрофильного фрагмента, способного ковалентно связываться с цистеиновыми остатками белков.

Применение:

KB03-SLF используется для открытия новых E3 убиквитинлигаз, применимых в стратегиях направленной деградации белков (TPD). Бифункциональная конструкция позволяет направлять FKBP12 к E3 лигазам через ковалентное связывание скаут-фрагмента с цистеиновыми остатками. Мониторинг уровня FKBP12 в клетках после обработки этим соединением позволяет выявить деградацию, опосредованную скаут-фрагментом. Последующие исследования подтверждают механизм деплеции FKBP12 и идентифицируют белки-мишени, ковалентно связанные со скаут-фрагментом. Данные, полученные с помощью KB03-SLF, расширяют инструментарий TPD и способствуют разработке новых терапевтических стратегий. При использовании необходимы строгие контроли из-за неспецифической модификации других белков электрофильным фрагментом. Связанные инструменты: dTAG-13 (для FKBP12F36V), Биотин-SLF (для FKBP12), ингибиторы протеасом MG123 и MLN4924, аффинный зонд для цероблона — Биотин-Талидомид. Разработка НПО ЭкоТек.